中心主要職責(zé)為傳染病、地方病和寄生蟲病、慢性非傳染性疾病、預(yù)防控制；突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急處置；疫情及健康相關(guān)因素信息管理；健康危害因素監(jiān)測(cè)與控制；職業(yè)病、放射、環(huán)境危害因素控制，食品安全和食源性疾病預(yù)防控制，營(yíng)養(yǎng)監(jiān)測(cè)與營(yíng)養(yǎng)改善，學(xué)生常見(jiàn)病控制；微生物和寄生蟲病學(xué)檢測(cè)、理化檢測(cè)、毒理檢測(cè)與評(píng)價(jià)等實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)檢驗(yàn)與評(píng)價(jià)；技術(shù)管理與應(yīng)用研究指導(dǎo)等。

中心設(shè)有科室20個(gè)。位于市區(qū)工農(nóng)南路的南通市疾控中心大樓于2008年1月投入使用，主體11層，占地總面積9268平方米，建筑總面積19009平米（實(shí)驗(yàn)室6114平米）。中心所屬開發(fā)區(qū)分中心在市開發(fā)區(qū)異地辦公，占地4239平米，建筑面積3741平米。

中心人員編制328人，在編職工總數(shù)252人，專技人員239人，副高以上技術(shù)職稱83人，碩士研究生以上學(xué)歷93人，博士2人?，F(xiàn)有江蘇省突出貢獻(xiàn)中青年專家1人，江蘇省“333高層次人才”培養(yǎng)對(duì)象1人，南通市“226高層次人才培養(yǎng)工程”2人,市級(jí)重點(diǎn)醫(yī)學(xué)人才4人，市級(jí)青年醫(yī)學(xué)重點(diǎn)人才4人；市級(jí)重點(diǎn)學(xué)科2個(gè)，創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)2個(gè)。近年來(lái)，中心獲市（廳）級(jí)科技進(jìn)步獎(jiǎng)27個(gè)，獲省、市衛(wèi)生健康（衛(wèi)生計(jì)生）新技術(shù)引進(jìn)獎(jiǎng)23個(gè)。中心是蘭州大學(xué)、南京醫(yī)科大學(xué)、南通大學(xué)教學(xué)科研實(shí)踐基地，是南通大學(xué)公共衛(wèi)生碩士專業(yè)學(xué)位研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地。近年來(lái)，中心不斷致力于加強(qiáng)自身建設(shè)，以“強(qiáng)內(nèi)涵、提能力”為主線，按照“補(bǔ)短板、強(qiáng)弱項(xiàng)、增后勁、促升級(jí)”要求，努力將單位建設(shè)成“教學(xué)型、技術(shù)型、研究型”地市級(jí)疾控中心，建設(shè)成為“具有較高水平的疾病預(yù)防控制中心”、“健康南通建設(shè)指導(dǎo)中心”、“基本公共衛(wèi)生服務(wù)指導(dǎo)中心”、“公共衛(wèi)生檢驗(yàn)檢測(cè)中心”，加快推進(jìn)健康南通建設(shè)。積極思考后新冠肺炎疫情時(shí)期的疾控體系建設(shè)，力爭(zhēng)以更好的工作成效回答好新時(shí)代“南通發(fā)展四問(wèn)”。