廈門市中醫(yī)院創(chuàng)辦于1956年，2008年通過三級中醫(yī)醫(yī)院評審，2018年通過復評，編制床位1200張、開放床位1250張，現(xiàn)有建筑面積9.6萬平方米、二期規(guī)劃建筑面積7.4萬平方米，由總院、南區(qū)、禾祥東門診部組成。同時下轄江頭、金山、禾山、殿前4個社區(qū)衛(wèi)生服務中心。近年年均門急診量(不含社區(qū))200萬人次，出院4.5萬人次。

　　2019年國家公立三級中醫(yī)醫(yī)院績效考核等級A級，全國排名66位，福建省排名首位。2020年艾力彼中國中醫(yī)醫(yī)院百強排名41位。是國家衛(wèi)生健康委建立健全現(xiàn)代醫(yī)院管理制度全國試點、福建省3家名優(yōu)中醫(yī)院建設單位之一。2020年成為福建省省級文明單位。

　　2017年由廈門市政府與北京中醫(yī)藥大學合作共建，成為北京中醫(yī)藥大學廈門醫(yī)院(第八臨床醫(yī)學院)，納入北京中醫(yī)藥大學直屬序列管理。同時是福建中醫(yī)藥大學附屬廈門中醫(yī)院、廈門大學醫(yī)學院臨床教學醫(yī)院、廈門醫(yī)學院教學醫(yī)院。為國家中醫(yī)住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地，國家中醫(yī)類別全科醫(yī)師規(guī)范化培訓基地，中華中醫(yī)藥學會中藥臨床藥師培訓基地，國家藥物臨床試驗機構。

　　現(xiàn)有肝病科、兒科2個國家臨床重點?？疲嗅t(yī)肝膽病學1個國家中醫(yī)藥管理局重點學科，肝病科、肛腸科、兒科、脾胃病科4個國家中醫(yī)藥管理局重點專科，骨傷科、風濕病科2個國家中醫(yī)藥管理局重點專科建設單位。脾胃病科、風濕病科、骨傷科、糖尿病科、針灸康復科5個省級醫(yī)療“創(chuàng)雙高”臨床重點?？?中醫(yī)類)建設項目。中西醫(yī)結合膽胰?？?、中西醫(yī)結合骨關節(jié)病、中醫(yī)痔瘡?？啤⒅形麽t(yī)結合兒科、中藥臨床藥學、中醫(yī)護理、中醫(yī)眼科等10個省級重點?？?。肛腸科、中西醫(yī)結合兒科、肝病科3個廈門市醫(yī)學領先學科。肝病科、兒科獲評艾力彼“中國中醫(yī)醫(yī)院最佳研究型?？啤?，肝病科、兒科、肛腸科、骨傷科、內分泌科、脾胃病科、心血管科、針灸康復科獲評艾力彼“中國中醫(yī)醫(yī)院最佳臨床型?？啤?。

　　現(xiàn)有職工1905人，醫(yī)護比0.83，中醫(yī)類別職業(yè)醫(yī)師(含執(zhí)業(yè)助理醫(yī)師)占執(zhí)業(yè)醫(yī)師總數(shù)比例52.95%，中級衛(wèi)生專業(yè)技術人員515人、高級衛(wèi)生專業(yè)技術人員402人，博士30人、碩士389人。享受國務院特殊津貼專家5人，全國老中醫(yī)藥專家學術經(jīng)驗繼承工作指導老師6人、繼承人11人，全國優(yōu)秀中醫(yī)臨床人才7人，全國中藥特色人才5人。福建省省級名中醫(yī)2人，省級中醫(yī)優(yōu)秀臨床人才9人，省級老中醫(yī)藥專家學術經(jīng)驗繼承工作指導老師8人、繼承人18人，省級基層老中醫(yī)藥專家?guī)煶袔街笇Ю蠋?人、學員5人。廈門市優(yōu)秀中醫(yī)臨床后備人才38人。國家級學會主任委員1人(中華中醫(yī)藥學會中醫(yī)外科分會)、國家級學會常委以上23人，省級學會主任委員3人(福建省中西醫(yī)結合學會肛腸分會、福建省中醫(yī)藥學會兒科分會、福建省中醫(yī)藥學會美容分會)，省級學會常委以上23人。建有3個國家級名老中醫(yī)工作室，2個省級名老中醫(yī)工作室，6個市級名老中醫(yī)工作室。建有“國醫(yī)大師金世元傳承工作室”，福建省學術流派傳承建設項目“廈門康氏肝病學術流派傳承工作室”。通過院士工作指導平臺、名醫(yī)工作室及“雙主任制”等柔性引進人才方式，聘任了陳可冀院士、中華中醫(yī)藥學會感染病分會主任委員谷曉紅教授、上海交通大學醫(yī)學院瑞金醫(yī)院普外科主任彭承宏教授、國家中醫(yī)藥管理局熱敏灸重點研究室主任陳日新教授等11位頂級專家。

　　建有國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥防治傳染病重點研究室、福建省博士后創(chuàng)新實踐基地、北京中醫(yī)藥大學肝病、兒科、中醫(yī)外科3個IV級研究所、廈門市盆底動力學重點實驗室、分子病理實驗室等科研平臺。中醫(yī)肛腸、中醫(yī)骨傷、中醫(yī)心血管、中醫(yī)腦血管、中醫(yī)肝病、中醫(yī)消化、中醫(yī)婦科、中醫(yī)兒科、中醫(yī)呼吸、中醫(yī)風濕免疫、中西醫(yī)結合內分泌、感染性疾病科、骨科、泌尿外科、普通外科、乳腺外科、耳鼻喉科17個專業(yè)具備開展藥物臨床試驗資格，居福建省中醫(yī)系統(tǒng)首位、全省醫(yī)療機構第3位。

　　2008年成為國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥國際交流與合作基地，2017年獲批國家中醫(yī)藥管理局對臺中醫(yī)培訓交流基地建設項目。累計有來自亞洲、歐美20余個國家和港澳臺地區(qū)的外籍學者及華僑來醫(yī)院進修學習。承辦14屆由國家中醫(yī)藥管理局和廈門市政府共同主辦的兩岸品牌會議——海峽兩岸中醫(yī)藥發(fā)展與合作研討會。舉辦對外(對臺)中醫(yī)適宜技術培訓班累計80期，培訓3000余人次，學員主要來自臺灣、香港，近年來逐步拓展到馬拉西亞、新加坡、菲律賓等東南亞國家，是中醫(yī)藥面向“一帶一路”國家交流傳播的重要窗口。